Tunnetuin ja lievin haittavaikutus teen osalta on hampaiden mahdollinen tummuminen. Tummumisen laajuuteen vaikuttaa oleellisesti suun oma bakteerikanta ja suun syljenerityksen määrä ja laatu.
Teen sisältämä fluori on normaalimäärissä nautittuna hampaille pelkästään positiivista, mutta erittäin runsas teen juonti yhdistettynä muuhun fluorin saantiin saattaa aiheuttaa fluoroosia, eli fluorin yliannostusta. Fluorin, kuten minkä tahansa aineen tai ainesosan runsas yliannostus saattaa kääntyä negatiiviseksi ja aiheuttaa eitoivottuja vaikutuksia. Fluorin runsas liikasaanti voi aiheuttaa hammas- ja luustofluoroosia. Lievä fluoroosi tarkoittaa, että hampaisiin ilmestyy pieniä valkoisia läiskiä, ja vakavammissa tapauksessa hampaat voivat värjäytyä tai muuttua kuoppaisiksi ja laikukkaiksi. Erittäin vaikean fluoroosin seurauksena laikut ovat ruskeita ja hampaiden kiille epämuodostunutta. Fluoroosia voidaan hoitaa, mutta hoitamattomana fluoroosi saattaa mädättää hampaita, tai jopa altistaa suusyövälle. Pikkulapsilla, heti syntymästä aina noin koulun alkamiseen saakka, saattaa liika fluori aiheuttaa, ennen hampaan puhkeamista, kehityshäiriön maitohampaisiin, ja jopa pysyviin hampaisiin.
Erittäin runsas ja pitkäaikainen fluoroosi saattaa myös vaikuttaa kilpirauhaseen, ja sillä saattaa olla yhteyttä esimerkiksi luusyöpiin. Vertailun vuoksi todettakoon, että esimerkiksi runsaalla sokerin tai muiden makeutusaineiden käytöllä saavutetaan huomattavasti nopeammin ja suhteessa paljon pienemmillä käyttömäärillä hyvin negatiivisia vaikutuksia.
Mustan teen valmistusprosessissa tapahtuvan hapetuksen on tutkittu lisäävän fluoridin määrää verrattuna vihreään teehen, jota ei fermentoida. Liukenevan fluorin määrään saattavat vaikutta myös teelehtien määrä haudutusta kohden, sekä veden lämpötila, että haudutusaika.
Luonnollinen seuraus runsaasta teen juonnista on myös lisääntynyt virtsaamisen tarve. Tämä johtuu toki runsaasta nautitusta nestemäärästä, mutta myös kasvaneesta aiheenvaihdunnasta, sillä teekin poistaa nestettä. Normaalitilanteessa aineenvaihdunnan lisääntyminen ja elimistön puhdistuminen ja sitä seuraava mahdollinen laihtuminen, ovat yleensä positiivisia. Vihreän teen vaikutus edellä mainittuun on suurempi kuin mustan tee.
Valkoinen tee ja vihreä tee, sekä punapensas eli Rooibos sisältävät hieman vähemmän fluoria kuin musta tee. Aikuisen päivittäinen fluorisuositus on noin 7 mg / päivä.